Antes de qualquer coisa desligue o seu servidor

Depois vá no gerenciador de arquivos e clique em server.properties

No arquivo server.proprietes tem o campo level-seed= coloque o número da seed.

Depois de salvar volte ao gerenciador de arquivos e exclua a pasta world clicando com o botão direito e indo em "Deletar".

Após isto inicie o servidor novamente, todo o conteúdo do mundo será removido, e a nova seed será gerada.

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