Lembre-se de que, embora possamos entender o desejo de personalizar seu site/servidor usando mods e plugins, não recomendamos essa prática, devido a possíveis instabilidades que este tipo de personalização pode causar. Tais versões customizadas podem tornar seu servidor instável e causar problemas tais como não iniciar servidores, crashes, perca de arquivos e mapa, além de que nem todos os mods e plugins que deseja usar podem funcionar.

É possível utilizar mods e plugins instalando uma custom jar no seu servidor.
Você pode encontrar as versões disponíveis nos seguintes links:
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Forge:
​Cauldron (Disponível nas versões 1.6.4, 1.7.2 e 1.7.10)
​Crucible (Disponível na versão 1.7.10)
​MohistMC (Disponível nas versões 1.7.10, 1.12.2, 1.16.5, 1.18.2, 1.19.2, 1.19.4, 1.20, 1.20.1 e 1.20.2)
​Magma Maintained (Disponível nas versões 1.12.2, 1.18.2, 1.19.3 e 1.20.1)
​Archlight (Disponível nas versões 1.14.4, 1.15, 1.16.5, 1.17.1, 1.18.2, 1.19.2, 1.20.1, 1.20.4 e 1.21.1)
​Catserver (Disponível nas versões 1.12.2, 1.16.5 e 1.18.2)

Fabric (BETA):
​Archlight (Disponível na versão 1.20.4, 1.21 e 1.21.1)
​Banner (Disponível na versão 1.19.4, 1.20.1 e 1.21.1)
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NeoForge (BETA):
​Archlight (Disponível na versão 1.20.4, 1.21 e 1.21.1)

Mohist (Disponível na versão 1.21.1)

Lembre-se de manter o servidor operando no vanilla indo em:

Configurações > Versões > Modloaders > Java Edition

Isto irá garantir de que o painel não irá reinstalar o Forge/Fabric padrão no seu servidor.
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Após fazer download da versão desejada e alterar para o vanilla em versões, você deve desligar o seu servidor, excluir os arquivos e seguir o tutorial de instalação abaixo:

Em seguida basta iniciar o servidor e as pastas "mods" e "plugins" serão geradas automaticamente.